1、血液检查：包括常规及生化检查，已检测患者是否有贫血；血清β-胡萝卜素浓度测定对于小肠疾病引起的吸收不良者会低于正常值；乳糖耐量试验主要用于检查双糖酶(主要是乳糖酶)缺乏。
2、14C-甘油三油酸酯呼气试验：三油酸酯是甘油三酯的一种，正常在小肠被胰酶水解，吸收后进一-步代谢变成CO2，从肺中呼出。脂肪吸收不良患者口服14C标记的甘油三油酸酯后，6小时内由肺部呼出的14C标记的CO2减少，本法简便。但对轻度胰源性吸收不良敏感性差。
3、蛋白质吸收试验：对粪便的氮排泄量的测定没有广泛应用于检查吸收不良。当低蛋白血症而怀疑蛋白丢失性肠病时，可测定α1-抗胰蛋白酶清除率。通过测定血清和同一时间收集的粪便中α1-抗胰蛋白浓度计算(清除率=粪便中浓度X体积/血浓度)。当清除率>25ml/d时考虑与低蛋白血症有关。
4、碳水化合物吸收试验：粪pH测定:碳水化合物吸收不良常有水泻而粪量多，未消化的糖类经肠菌酵解使粪便pH降低。pH<5.5提示有碳水化合物吸收不良。
5、内镜检查：应用插入型或探针式小肠镜，借助小肠蠕动，缓缓送人小肠，能看到50%~70%的小肠黏膜，并可在直视下活检。小肠吸收不良时，黏膜基本特征是绒毛
变短、增粗、倒伏及剥脱等萎缩表现。