根据念珠菌感染的部位、方式和严重程度及患者自身的情况合理制定治疗方案。系统性念珠菌病疗程相对较长，症状较轻者时间相对较短，制霉菌素、氟康唑、伊曲康唑为常用的药物。
一、一般治疗
对症支持治疗：去除诱发因素，包括消除局部感染灶，积极治疗羽凡有基础病，尽量减少和避免广谱抗生素和免疫抑制剂的用来，加强营养支持，提高非特异性抵抗力，适当使用免疫调节剂，增强患者免疫力。
二、药物治疗
常用的药物为制霉菌素、氟康唑、伊曲康唑等。
1、念珠菌血症：首选氟康唑、伏立康唑或卡泊芬净等棘白菌素类。如果念珠出现耐受(通俗讲指持续使用某种药物，患者对其剂量反应下降)，可选用两性霉素B，等病情稳定后可转换为氟康唑完成疗程。
2、泌尿系念珠菌病：无症状念珠菌尿一般不需要治疗。如果有症状、粒细胞缺乏、出生时低体重、肾移植受者或进行泌尿系统诊疗操作，应接受治疗。通常选用氟康唑或两性霉素B，疗程均为7~14天。若有导尿管留置，需拔除或更换。
三、手术治疗
必要时需采取手术治疗，如大多数念珠菌心内膜炎患者需作心瓣膜置换手术。