肝脓肿多数由细菌入侵肝脏所致，阿米巴肝脓肿则是由阿米巴原虫经结肠溃疡进入门静脉系统，在肝内大量繁殖导致，脓肿大多数为单发。
一、主要病因
1、胆源性肝脓肿：病原菌以大肠埃希菌最为常见，其次为厌氧性链球菌，常见于肝内胆管结石，合并胆管狭窄、感染。当由于结石、狭窄导致胆管阻塞而引起胆管内高压时，带有脓性毒素和细菌的胆汁逆向反流，致肝内毛细胆管破裂，发生胆源性肝脓肿。
2、细菌性肝脓肿：致病菌多为肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌、厌氧链球菌、葡萄球菌等。细菌侵入肝脏，造成局部肝组织炎症、坏死、液化，脓液积聚而形成的肝内化脓性感染。
3、阿米巴性肝脓肿：病原体为溶组织内阿米巴滋养体，经结肠溃疡进入门静脉系统，在肝内大量繁殖。
二、诱发因素
1、炎症性肠病：尤其是患有克罗恩病时，肠黏膜屏障的受损为肝脓肿的危险因素。
2、钝性或穿透性肝损伤：钝性或穿透性肝损伤和邻近器官脓肿扩大至肝脏可引起肝脓肿。
3、细菌性感染：全身细菌性感染，特别是腹腔内感染时，细菌可侵入肝。
4、免疫缺陷：如果患者存在免疫缺陷，就会患上相关疾病，如艾滋病或HIV感染，此类疾病会导致患者机体容易受细菌的攻击造成感染。
5、慢性病：尤其是未得到良好控制的糖尿病，在长期糖尿病的环境下有益于细菌的生长。