沙眼衣原体引起的尿道炎，通常称之为非淋菌性尿道炎，其临床的表现一般为排尿时的疼痛及尿道的分泌物，这种分泌物通常比较稀薄，量比较少，可以呈浆液性或者稀薄脓性，大多数可以在晨起时出现。女性通常没有明显的临床症状，主要表现为白带增多、子宫的糜烂等。
非淋菌性尿道炎临床潜伏期通常是在1-3周，平均为10-14天，可以通过性接触来进行传播。由于病情发病相对来说比较缓慢，症状不是很典型，有时容易被延误或者治疗效果不佳。在临床上可以给予阿奇霉素，或者大环内酯类的药物进行治疗。