引起食管异位组织的病因不是很明确，通过相关的研究表明，该疾病主要是因某些脏器的组织或者是皮脂腺异位发生在食管，导致患者出现吞咽困难以及吸气性呼吸困难。
一、主要病因
胚胎发育期，食管和气管分离不彻底，从而导致食管壁中出现气管软骨。
二、诱发因素
在孕期服用的一些药物成分影响到胎儿发育，可能会导致食管异位组织。