皮下囊肿需要与脂肪瘤、瘢痕疙瘩、皮肤纤维瘤进行鉴别。
1、脂肪瘤：表现为颈项部、面颊、颌下、枕部、肩胸背部对称性弥漫性膨隆肿块，可移动，常伴有不同程度的肝功异常，脂类检查结果异常。
2、瘢痕疙瘩：常于外伤后出现，肿块隆起于皮肤表面，坚硬，表面光滑发亮，界限欠规则，1年内无退缩征象，可呈蟹足状生长，不能自行消退。
3、皮肤纤维瘤：常见于四肢伸侧，上臂多见，表现为硬结节，可呈正常皮色、黄褐色或黑褐色，一般无自觉症状但可长期存在，组织病理检查可确定。