治疗睡眠障碍症的药物包括苯二氮卓类、非苯二氮卓类、巴比妥类，以及褪黑素和褪黑素受体激动剂、抗抑郁药等药物。苯二氮卓类药物应用相对来说比较广泛，可以缩短入睡时间，减少觉醒时间和次数，增加总睡眠时间，常见的代表药物包括地西泮、硝西泮、艾司唑仑等。非苯二氮卓类药物包括唑吡坦、佐匹克隆、右佐匹克隆、扎来普隆等，这类药物仅有单一的催眠作用，没有肌松以及抗惊厥的作用，优点是快速起效，没有第二天的宿醉作用。巴比妥类的代表药物是苯巴比妥，临床上由于耐受性、依赖性的问题，应用相对较少。褪黑素和褪黑素受体激动剂类主要是改善时差的症状，调节昼夜节律失调性睡眠障碍效果相对来说比较好，褪黑素受体激动剂可以应用阿戈美拉汀。抗焦虑药物包括选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，以及多塞平、米氮平等药物来治疗睡眠障碍。