巨细胞病毒感染临床表现多样，不同类型的表现不同。小儿先天性感染可表现为脾肿大、持续性黄疸、瘀点状皮疹、小头畸形等；后天获得性感染可表现为淋巴结肿大、皮疹、支气管炎或肺炎等症状。
1、儿童感染症状：
（1）宫内感染：婴儿出生后可无临床表现，但若出现表现，则较后天获得者明显，可发生病毒血症，引起全身性内脏损害，表现为黄疸、肝脾大、嗜睡、惊厥、呼吸窘迫综合征、脉络膜视网膜炎、痉挛、小头、神经运动迟缓及精神障碍等，偶尔出现全身性丘疹、结节性皮疹，多数患儿在2个月内死亡或遗留严重的神经系统障碍，常见耳聋、智力障碍、运动障碍。
（2）后天获得性感染：患儿常无症状，播散性内脏及神经系统损害较罕见，但亦可发生肝功能障碍、百日咳样咳嗽、支气管肺炎等，有时可发生红斑及斑丘疹。
2、成人感染症状：可表现为持续发热，出现淋巴细胞相对或绝对增多，并出现异常淋巴细胞，亦可见皮疹，无渗出性扁桃体炎及明显的肝脾大、淋巴结肿大，嗜异性凝集试验阴性。免疫缺陷者感染巨细胞病毒可无症状，亦可呈各种不同的临床表现，可以出现肺炎、肝炎、胃肠道溃疡、视网膜炎、大脑病变、内分泌系统与生殖腺受累等，在艾滋病患者中尤为多见。