亚急性感染性心内膜炎首先给抗菌素治疗。进行血细菌培养，选择合适的抗菌素。抗菌素要求足量足疗程，一般要用4~6周，如果血培养反复都是阴性，又高度怀疑感染性心内膜炎，可以凭经验给予大量的青霉素和阿米卡星等药物治疗。亚急性感染性心内膜炎是指起病比较缓慢，有发热，体重减轻，乏力等全身的不舒服症状，也有少部分患者开始症状就表现为栓塞，不能解释的脑梗死，心脏瓣膜病变进行性加重，顽固性心衰等。