肾囊肿里面有结石是由于肾囊肿合并了反复的囊内感染、囊内出血，导致钙化形成，影像学上可以看到囊肿里有结石，一般钙化后会成为结石的核心。
如果囊肿比较小，没有局部的压迫症状，可以不进行治疗，做好定期观察，每半年到一年进行一次超声学检查。当肾囊肿较大，超过4cm以上，同时伴有局部的压迫症状以及临床其他表现时，可以进行微创治疗，包括囊肿的引流以及消炎治疗，必要时进行手术切除。