慢性咽炎需要与以下疾病进行鉴别：
1、慢性扁桃体炎：表现为咽痒、咽部异物感、干燥、疼痛，刺激性干咳等不适症状，可间断地在咽部咯出小米粒大小、伴有臭味的黄色豆渣样物。患者查体可见扁桃体增生肥大、扁桃体表面瘢痕、凹凸不平、与周围组织粘连或扁桃体隐窝内可见栓塞物。
2、丙种球蛋白缺乏症：此病好发于儿童及青年，患者一般有反复发生急性或慢性呼吸道炎症的病史，咽部变化表现为淋巴组织明显减少或消失。
3、肺结核：患者可出现乏力、消瘦等，多在午后或夜间发热，体温37.5℃-38℃左右，烧退后可出现盗汗，很多患者以咳血作为首发症状，也可有慢性咳嗽。