睾丸萎缩一般没有明显的临床症状，通常是在无意中发现或检查彩超时发现，它是一种长期慢性的过程。导致这个问题的原因包括毒物质的慢性损害，以及睾丸血供的逐渐缺失。
精索静脉曲张、腮腺炎性睾丸炎等可以导致睾丸毒性物质慢性积累，最终出现睾丸萎缩。睾丸扭转或睾丸外伤可以导致睾丸组织血供受到影响，最终也可以出现睾丸萎缩。
睾丸萎缩以后，睾丸中的生精上皮也会有不同程度的损害，睾丸的生精功能就会受到明显影响。