功能性胃肠炎的主要症状就是慢性腹泻，次数在一天十次左右，且大便时常伴有肛门重坠、里急后重、大便急迫的现象。另外，阵发性、进行性腹痛也是功能性肠胃炎的常见症状。除此之外，有些患者也会出现腹胀肠鸣、恶心呕吐、头晕头重、倦怠乏力、发热、便血等不适症状，且不适症状常在抑郁烦躁、精神紧张后加重，常在叹气后较轻。