肛窦开口向上，出现腹泻或便秘时很容易引发肛窦炎。严重的肛窦炎会导致直肠肛管周围的疏松组织感染并形成脓肿及肛瘘。所以一但患有肛窦炎要及时治疗，主要是应用对肠道菌敏感的抗菌素，如甲硝唑或替硝唑加左氧氟沙星或头孢克肟联合用药，坚持用药二至三周。服药的同时肛窦处可用麝香痔疮栓治疗，效果会更好。对保守治疗效果不佳的患者可考虑手术治疗。