小儿衣原体肺炎大环内酯类抗生素为首选。用红霉素或罗红霉素、阿奇霉素每次口服。不能口服或重症者静脉滴注红霉素，或用罗红霉素、克拉霉素口服，青霉素族及氨基糖甙类均无疗效。本病预后良好，但有报道患儿痊愈随访7~8年后，一部分儿童仍有呼吸道症状如咳、喘和肺功能异常。
一、一般治疗
小儿衣原体肺炎应该注意加强护理和休息，保持室内空气新鲜，并保持适当室温及湿度。保持呼吸道通畅，经常翻身更换体位。烦躁不安可加重缺氧，故可给适量的镇静药物。供给热量丰富并含有丰富维生素、易于消化吸收的食物及充足水分。
二、药物治疗
1、大环内酯类抗生素：包括红霉素、罗红霉素或罗力得、阿奇霉素、甲红霉素等，需遵医嘱应用相关药物。
2、喹诺酮类抗生素：可以用左氧氟沙星、莫西沙星等，但不推荐儿童使用。
3、红霉素：衣原体肺炎的抗生素应首选红霉素，口服连用2周。重症或不能口服者，可静脉给药。眼泪中红霉素可达有效浓度，还可清除鼻咽部沙眼衣原体，可预防沙眼衣原体肺炎的发生。
4、阿奇霉素：口服吸收很好，能迅速分布于各组织和器官，对衣原体作用强，药物原型经胆汁排泄。与抗酸药物的给药时间至少间隔2h。尚未发现与茶碱类、口服抗凝血药、卡马西平、苯妥英钠、地高辛等有相互作用。
5、糖皮质激素：对于使用抗生素治疗无效或者疗效不明显的的患者，可以使用糖皮质激素，可以起到很好的消炎效果，但是该药品不能长期使用，如果长期使用可能会导致患者出现骨质增生或者可能会影响到孩子的发育情况。
三、手术治疗
目前无针对性手术方法进行本病的治疗。
四、营养治疗
小儿衣原体肺炎的患者除了一般治疗外，还应该注意调节饮食，可以多吃一些润肺清热及消痰降火的食物，如梨、川贝、百合等。
五、其他治疗
对病情较重、病程较长、体弱或营养不良者应输鲜血或血浆，或应用丙种球蛋白治疗，以提高机体抵抗力。