在临床上导致肛门疼痛的常见疾病有以下三种，第一种是肛裂，第二种是血栓性外痔，第三种是肛周脓肿。肛裂的裂口下方为括约肌，当排便的时候会导致裂口扩张，出现疼痛，随即出现括约肌痉挛，出现更为严重及持久的疼痛症状。血栓性外痔会影响肛周静脉回流导致肿胀疼痛。肛周脓肿由于炎症刺激，会表现为肛周皮肤红肿、疼痛的临床表现。