多囊肝是一种常染色体显性遗传病，偶尔可能随机发生。其囊肿来源于胆道的异常改变，目前所知多囊肝的发病主要与四个基因，即PRKCSH、SEC63、PKD1、PKD2发生突变有关。
多囊肝的主要病因是基因突变，导致患者体内存在多个细胞内信号通路（细胞内信息传导途径和方式），以及细胞功能失调引起。如PRKCSH定位于染色体19p13.2，编码非催化β-亚基的葡萄糖苷酶Ⅱ，参与内质网中新合成的糖蛋白的易位、折叠。当突变异常时质量缺陷的蛋白质能启动内质网的降解，从而使患者肝细胞不稳定，导致细胞破碎和囊肿的形成。