对于流感的确诊，需要做流感病原学检测，临床上最常用的就是做核酸检测，检测出流感病毒RNA多可诊断为阳性。一般采集患者上呼吸道分泌物，利用鼻拭子或咽拭子进行采集，采集后立即送检。到实验室应用聚合酶链反应检测病毒RNA，如果出现阳性，即可明确诊断为急性期感染。
此外，也可以做血清学检测，血清学检测可测定急性期血液标本和恢复期血液标本。急性期通常在发病七天内进行留取标本，恢复期在发病后2-4周进行留取标本。如果恢复期抗体滴度较急性期抗体滴度有四倍以上增高，或者单次检测抗体滴度大于1:80，则有临床意义。