丙硫氧嘧啶片常见副作用有头痛、眩晕、关节痛以及恶心、呕吐等胃肠道反应；也有皮疹、药热等过敏反应。严重的不良反应可有肝功能异常、肝细胞损害、肝炎等肝胆系统损害，血液系统不良反应如白细胞减少、血小板减少、再生障碍性贫血、粒细胞缺乏，抗中性粒细胞胞浆抗体（ANCA）相关性血管炎和严重超敏反应，如stevens- johnson综合征、中毒性表皮坏死松解症等。儿童用药还可能引起甲状腺功能减退。