肛门脓肿的概念不准确，临床上一般称为直肠肛管周围脓肿，它的发生主要与肛管周围的特殊解剖结构以及不良的生活习惯导致的细菌感染有关。
肛管内内有一个像口袋状的解剖结构叫做肛窦，它的开口朝向上方，容易残留粪渣等物质，诱发肛窦炎，进而导致直肠肛管周围脓肿的形成。不良的生活习惯，如久坐、长期食用辛辣刺激性食物、长期饮酒、便秘、不注意个人卫生，可能导致肛周皮肤的感染。肛裂、内痔等会诱发直肠肛管周围脓肿，克罗恩病、溃疡性结肠炎以及有血液病，也容易并发直肠肛管周围脓肿。