子宫内膜异位症治疗的方法有药物治疗和手术治疗。药物治疗适用于有生育要求、伴有痛经或者慢性人盆腔痛且无卵巢囊肿形成的年轻女性。治疗的药物有高效孕激素和炔雌醇复合剂（避孕药）、孕激素制剂、孕激素受体拮抗剂（米非司酮）、孕三烯酮、达那唑、GnRH-a等。手术治疗包括保留生育功能手术、保留卵巢手术和根治性手术，具体的手术方式需要结合患者的病情轻重、年龄、对生育的要求等综合评估来选择。