结膜炎的用药大概分为两类：一、抗生素，就是各种因为感染或者病毒引起的结膜炎症，它一般就是抗生素或者抗病毒、抗真菌治疗的眼药水。二、非感染性的结膜炎一般都含有激素的药治疗，同时配合点抗生素的眼药水。
感染性的结膜炎，由于各种细菌、病毒、真菌等引起的感染，常用的就是抗生素眼药水，有左氧氟沙星氯化钠、妥布霉素，以及最新一代的莫西沙星等。非感染性的，比如过敏性结膜炎、慢性结膜炎、创伤，或者术后造成的炎症反应。这样一般都用抗炎眼药水，一般都含有激素，也有非甾体类的抗炎药，也有不含激素的消炎眼药水，常用的地塞米松或者妥布霉素地塞米松滴眼液等。激素都是有一定副作用，经常要配以抗生素同时使用，同时有的时候为减少副作用，不时可以用一些人工泪液。