在肛肠疾病中肛瘘的复发率相对比较高，大概在百分之二三十。而且主要是发生在高位复杂性肛瘘，因为其内口不太明确以及瘘管支管比较多，在手术过程中很难完全清除干净内口以及瘘管，进而导致后期复发率偏高，甚至可以达到百分之四五十，尤其是多次手术的肛瘘患者。但是对于低位单纯性肛瘘，只要在正规医院处理，后期患者好好换药，一般不存在复发。