呋喃妥因属于硝基呋喃类的抗菌药物，呋喃妥因的抗菌作用主要是对大肠埃希菌比较敏感，除此之外对产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、变形杆菌属、肺炎克雷伯菌等肠杆菌科都有比较好的抗菌活性，对于肠球菌属的革兰氏阳性菌也有抗菌作用。
该药抗菌机制主要是通过干扰细菌体内氧化还原反应，从而阻断细菌的代谢过程，起到抗菌的功效。在临床上呋喃妥因主要用于敏感的大肠埃希菌、肠球菌属、葡萄球菌属以及肺炎克雷伯菌属的肠杆菌科等细菌所导致的急性单纯下尿路感染，还可以用于尿路感染的预防。