膝关节囊肿可以采取如下的处理措施：第一，对于没有任何症状的骨囊肿或半月板的囊肿，可以暂时不处理，继续观察。第二，对于出现了明显疼痛的骨囊肿或者是半月板囊肿，则需要进行手术处理。手术的原理主要是对此处的囊肿进行清创，然后再通过植骨、骨水泥填充或者是缝合的方式，对其进行修复。第三，对于存在后侧腘窝囊肿的情况，一旦发病，则必须进行手术治疗。手术的原理是将囊肿彻底的切除，解除神经压迫，而且要对后侧的关节囊修补，以此缓解症状。