1、产前B超：若产检时发现羊水过多，并且发现胃泡过小或者无胃泡，可以做出怀疑诊断。但对于疾病确诊的敏感性不高，需要结合其他影像学表现做出诊断。
2、产前MRI：可以对新生儿食管发育异常作出分类诊断，诊断出为何种畸。产前磁共振成像具有较高的敏感性，超声做出怀疑诊断后，可以用核磁共振成像补充确诊。是检查新生儿食管闭锁重要的影像学手段。
3、食管造影：能够对新生儿食管闭锁做出病理分型，以及了解食管闭锁的位置、闭锁的程度、盲袋的位置以及近端远端有无瘘管。
4、三维CT检查：作为无创检查，适合新生儿。可以帮助了解食管闭锁的位置、闭锁的程度、盲袋的位置，对新生儿食管闭锁做出病理分型。