红斑性肢痛症的病因目前尚不清楚，可能与微循环调节功能障碍相关，不同的类型的主要病因不同。
一、主要病因
1、原发性红斑性肢痛症：病因不明，可能与自主神经或血管神经中枢功能紊乱、皮肤对温热处于过敏状态及血中某些致热物质增多有关，少数病人有家族因素。
2、继发性红斑性肢痛症：继发于某些疾病，如糖尿病、真性红细胞增多症、恶性贫血、痛风、轻型蜂窝织炎、类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮、血栓闭塞性脉管炎、一氧化碳中毒、心力衰竭、高血压等。
3、特发性红斑性肢痛症：本病的致病因素可能不是单一的，而是由许多因素综合作用的结果。首先是与气温的突然变化、寒冷刺激有关。青春期学生好发此病，说明青春发育期自主神经和内分泌系统不稳定，对外环境变化的适应能力较差。另外，是否与某些生物性致病因子或营养缺乏有关，尚不能确定。
二、诱发因素
高温：高温环境下，交感神经兴奋，血管扩张，红斑性肢痛症患者微循环调节功能障碍，血管过度扩张或温度下降后不能及时收缩，可诱发该病的发作。