细菌和真菌虽然两者都属于细胞型的微生物，但是两者在大小、细胞结构以及致病方面是存在差异的。细菌的大小一般在0.2-5μm之间，而真菌相对来说个头比较大，在6-15μm之间。细菌属于原核生物，没有完整的细胞核，也没有核膜，真菌分化程度比较高，有完整的细胞核，即有核膜、核仁，还有细胞器，包括内质网、线粒体、溶酶体等等。
在致病方面两者存在差异，细菌多数情况下起病比较急，而且多数健康人就可以感染。而真菌除浅表的真菌感染，比如皮肤或者皮下或少数的深部的真菌感染，大多数真菌都属于机会性感染，也就是只有在机体的免疫力低下的状态下才能够感染，比如长期应用广谱抗菌药物引起肠道的菌群紊乱或者长期应用免疫制剂，还有有严重的血液系统疾病、肿瘤等导致机体免疫力下降，才能够感染真菌。真菌一般起病比较慢、比较隐匿，起病初期症状不突出，所以诊断起来相对难度比较大，而且治疗疗程比较长，一般比细菌感染要长很多。