1、胸片、胸部CT：通过肺部影像学检查，可明确肺内是否有结节，同时评估病情严重程度，也可发现肺内钙化情况。一般经胸片检查后发现双肺弥漫高密度小结节病例，需行CT检查进一步评估。双肺弥漫细小钙化结节，中下肺野明显。
2、肺功能检查：该疾病早期肺功能没有异常改变，疾病发展后会逐渐出现肺功能的改变，该项检测目的是检测患者肺脏的呼吸功能，评估患者病情严重程度。肺泡微结石症患者的肺功能损害常以弥散功能异常为主，表现为限制性通气功能障碍，后期可发展为混合型通气功能障碍。
3、经气管镜下或经胸壁穿刺肺活检：由于肺泡微结石症患者胸部CT存在典型病变，因此在临床上往往仅根据影像学即可诊断，经气管镜下或经胸壁穿刺肺活检仅被应用于不具有典型影像学表现的可疑肺泡微石症患者，属于有创检查。
4、骨核素显像：骨核素闪烁显像检查对诊断有重要意义，可以评估肺组织对钙磷盐的吸收情况，可以用于早期的筛查和评估预后。其特异性检查表现为肺部摄取99mTc二磷酸盐增高。