膜性肾病在临床上表现为肾病综合征，只是病理上以基底膜增厚为主，伴有钉突形成。最突出的并发症是血栓栓塞，其原因是由于低蛋白血症、高脂血症，血小板聚集会增加血液出现高黏滞状态，导致血栓栓塞并发症的发生，发生率高达40%以上。常见的部位是肺梗塞、肾静脉血栓及肾梗塞，还有肢体血栓和栓塞并发症，最严重的并发症情况是脑梗塞。
感染也是膜性肾病常见并发症，多个部位都可以发生，比如呼吸道、生殖道、消化道，以及皮肤等，常常是导致治疗效果差及患者死亡的主要原因。由于膜性肾病发生后患者的有效血容量不足，导致肾脏灌注不良，加上感染及药物作用可以引起一过性肾损伤，患者经过治疗以后可以恢复正常。其他并发症是由于高黏滞血症和高脂血症加上激素的使用等，使心血管疾病并发症的发生率明显增加。