在刚发生肺栓塞时，需要使用血栓溶解剂，常用的有尿激酶及阿替普酶等药物，这些药物可以将血栓溶解，达到治疗的目的。
在后期还需要继续服用一些抗凝的药物，例如阿司匹林、华法林，或者是利伐沙班等药物，这些能够进一步防止肺栓塞的出现。在发生肺栓塞后，可能还需要静脉置入支架及放置过滤器，以防止栓塞向其他部位进一步运行。
部分患者还需要行介入的方法，将肺栓塞的血栓取出，来达到通畅的目的。有少部分患者还需要行手术治疗，具体需要依据患者的病情来决定。
在患有肺栓塞后，需要及时吸氧，并且严密的监护生命体征，同时不能够饮用含有酒精的饮料，尽量不要吃辛辣的食物等。