小儿先天性面肌双瘫综合征的预防主要以孕妇在孕期的补充营养和避免接触相关有害物质，同时婚检、孕检是十分必要的，要进行全面的血清学检查。
（1）必须进行婚前体检，是早期发现疾病的重要措施。
（2）特殊职业的人群如化工产、放射物质接触者等，要进行怀孕咨询，同时进行相关基因检测等。
（3）女性在怀孕期间要尽量避免可能致畸的因素，如滥用药物或抽烟酗酒等。
（4）孕期要注意营养的全面摄入和叶酸的补充，也能有效降低本病的发病率。
（5）孕妇要定期孕检，一旦发生胎儿的畸形，要在医生指导下考虑终止妊娠。