联合免疫缺陷主要是因为一些基因突变所致，为先天性遗传疾病，有家族发病趋势。临床上常见的SCID有性联重症联合免疫缺陷病和腺苷脱氨酶缺陷症。
一、主要病因
1、原始淋巴样干细胞发生障碍：原始淋巴干细胞发生障碍，无法增殖补充T细胞和B细胞，导致淋巴细胞的缺陷，从而丧失体液免疫与细胞免疫，患上重症联合免疫缺陷。
2、先天性腺苷酰胺酶缺乏：该酶的缺乏使脱氧三磷酸腺苷积累增多，抑制T细胞和B细胞的发育，使淋巴细胞缺陷。
3、胸腺及类腔上囊结构先天发育不良：胸腺是T细胞发育的场所，胸腺和类腔上囊发育不良，使T细胞没有办法正常发育成熟，进而使细胞免疫丧失，体液免疫大部分丧失。
4、T细胞和B细胞均有增殖分化障碍：T细胞和B细胞无法通过增殖补充自身数量和做下一步应激反应生成效应细胞参与免疫，使免疫细胞数量下降以及免疫功能丧失。
二、诱发因素
取决于父母的基因，近亲结婚使由于基因比较相近，所以后代患隐性遗传病的概率增加。