眼外肌发育不全治疗方法主要为手术治疗。治疗目的是解决斜视的外观、复视和视网膜异常。但手术治疗只能解决外观，部分视力功能无法得到很好的解决。
一、药物治疗
A型肉毒毒素适用于眼睑痉挛、面肌痉挛等成人患者及某些斜视，也适用于眼外肌发育不全引起的斜视，及无法手术矫正或手术效果不佳的12岁以上的斜视患者。对本药过敏者禁用。
二、手术治疗
1、斜视手术，目的为纠正斜视肌的位置，恢复正常。如有外斜和内斜，则在肌肉移植术的同时，根据斜视程度分别行水平肌的后徙、截除或后徙加截除术。
2、先天性全眼外肌缺如的治疗只能做部分美容矫正。上睑下垂可做内提吊术或缝线提吊术。眼球外斜时，可做眶外缘骨膜缝线固定术。下颌上抬明显，可将两眼球下方球结膜和筋膜同步后徙，采用眶上缘骨膜缝线固定术使双眼球向上方移位，以矫正代偿头位。
3、先天性部分眼外肌缺如的治疗主要为下直肌缺如的矫正。可采用上直肌减弱术、直肌移植术、利用眶下缘骨膜的缝线固定术、合并水平斜视的手术等。
4、先天性眼外肌附着异常，原则上使其复位，术中观察眼位，如有外斜视或内斜视应同时进行水平肌肉的手术。