小儿心房扑动多因心房肌及传导系统发育不完善，冲动在心房肌内或经房室旁路产生折返引起。多数患儿有器质性心脏病，以先天性心脏病为主，尤其多见于大动脉错位并且行手术后的患儿。其他心内手术创伤、瘢痕组织也是本病诱因。其他的疾病，例如心肌炎、扩张型心肌病、风湿性心脏病、病态窦房结综合征以及心外因素如洋地黄中毒也可出现小儿心房扑动。
1、心内因素：
（1）先天性心脏病：心房肌及传导系统发育不完善，尤其是大动脉错位，还有房间隔缺损、法洛四联症等先天性心脏病均可造成小儿心房扑动。
（2）心内手术：术后瘢痕组织的形成为小儿心房扑动提供条件，尤其是大动脉错位并且相应手术的患儿经常出现小儿心房扑动。
（3）其余疾病：心肌炎、扩张型心肌病、风湿性心脏病、病态窦房结综合征等也会造成小儿心房扑动。
2、心外因素：
（1）洋地黄中毒：洋地黄中毒剂量与治疗剂量相近，且个体对其敏感性差异较大，容易导致心房异位起搏点兴奋性增加，导致小儿心房扑动。
（2）电解质紊乱：低钾血症较为常见，此时心肌细胞兴奋性和自律性增加，可能导致小儿心房扑动。