咽喉囊肿手术的费用不同，因为情况不一样。如果是咽喉表浅的囊肿，比如口咽部的囊肿、扁桃体的囊肿，直接在口咽部能看到，只用在日间手术室或门诊手术室进行手术，直接喷麻药以后切除即可，费用不会超过1000块钱。
如果是咽喉深部的囊肿，比如会厌的囊肿或比较大的囊肿，需要全麻下进行手术，费用可能会在6000-7000块钱或5000-6000块钱。手术的方式根据各个医院不一样，有的是使用器械切除，有的使用激光或等离子切除，不同的手术方式费用有一定差距。