医源性胆管损伤的治疗以手术治疗为主，应根据发现的时间、损伤程度、周围组织的炎症情况、病人全身情况尤其肝脏功能而采用恰当的手术方式。
一、药物治疗
医源性胆管损伤一般均应采取手术治疗，同时也可服用药物，如叶下珠片、柳胺酚胶囊、胆康片等。若医源性胆管损伤导致感染者，应当应用抗感染药物。
二、手术治疗
1、手术中发现的的胆管损伤：手术中及时发现并处理胆管损伤最为理想，修复成功率高，同时避免了再次手术的一系列问题。根据损伤的情况不同，要采取不同的处理方式。
（1）胆总管下段损伤：一般医生会根据情况做不同的引流术。误结扎肝外胆管而未切断，一般只需拆除结扎线即可。但如果结扎过紧过久，可能置入T管引流或切除部分坏死胆管并行端端吻合。
（2）肝外胆管撕裂伤：通常需要缝合伤口，并置入内支撑或加T管引流。
（3）肝外胆管切断伤：需要行端端吻合术，胆总管侧壁切开置入T管引流。
2、术后早期诊断的胆管损伤：术后早期发现有胆管损伤时，应当请原手术者回忆手术过程，并行腹腔穿刺等辅助检查协助诊断。胆道梗阻性损伤多为肝外胆管误结扎，应尽早再次手术早期修复或松解。以胆漏为主要表现者，视情况而定。胆漏量不多且无腹膜炎症状，可保守观察。若引流不佳或已经出现胆汁性腹膜炎，应手术探查。
三、其他治疗
1、经T管窦道胆管狭窄扩张术：适应于胆肠吻合口狭窄、胆吻合口狭窄、手术损伤继发性狭窄、胆管下端炎性狭窄。总之只要狭窄的范围局限，经T管窦道插管可及者均可实施此术。先行T管造影判明病情后，透视下沿T管向狭窄部置入导丝，再沿导丝插入扩张器。由F8开始，再依次用F12、F14、F16至狭窄段口径达F18。最后将通过狭窄段的F18扩张器固定保留，接引流装置。扩张亦可分期进行。有时在狭窄部的近侧开侧孔以利于引流。最终支撑时间应在2个月以上，以减少复发。
2、经皮肝穿刺气囊扩张：主要用于肝外胆管较短的良性狭窄，对大的肝内胆管狭窄也可应用，但技术难度大，成功率低。首先行经皮经肝胆管造，在透视下经经皮经肝胆管造引流管将气囊导管送至狭窄部，囊内注入造影剂，进一步核实并调整气囊导管的位置。位置满意后加压扩张，1次/d，2周可奏效。拔除气囊导管前，为防止复发可置入支撑管。近年来开展的记忆合金支撑管效果乐观，具有十分重要的临床意义。
3、内镜下括约肌切开术：仅适应于胆总管末端狭窄者，而且狭窄部位应小于3cm。
4、胆道镜治疗胆管狭窄：对手术、外伤引起的绝对狭窄可用特制的导管扩张留置，也可用尼龙气囊导管进行扩张治疗。