新生儿肛门直肠畸形是较常见的消化道畸形，由于其病因不明确，因此需要从危险因素着手考虑，应尽量减少或避免危险因素，从而达到一定的预防作用，具体措施如下：
1、孕妇在怀孕期间，应避免接触有害物质，如辐射、吸烟、酗酒等；
2、有家族遗传史的人群，应做好产前咨询以及产前检查；
3、不可擅自服用服药物，用药需遵循医嘱。