亚临床甲状腺功能减退症主要的病因是甲状腺受损导致，所以很多可以损伤甲状腺的疾病以及药物损伤等均可能引起该病。本病好发于有颈部及甲状腺放疗史、自身免疫性疾病或使用胺碘酮、白细胞介素-2等药物的人群。
一、主要病因
自身免疫系统异常时，会破坏甲状腺组织，导致腺体无法产生足
亚临床甲减病因较复杂，许多结构或功能异常能够引起甲状腺激素合成障碍，引起甲状腺功能减退。主要可分为以下4类：
1、原发性(甲状腺性)甲状腺功能减退：原发性甲减占大约96%，其他均属少见。其中以慢性淋巴细胞性甲状腺炎(CLT，又称桥本甲状腺炎)最常见。 依据患者伴有或不伴有甲状腺肿大，原发性甲减的病因又可分为
1、甲状腺不肿大：1、甲状腺先天发育异常，多有家族倾向。 
2、特发性，原因不明，有称此症是慢性淋巴细胞性甲状腺炎的后期。 
3、放射性碘或甲状腺切除术治疗后。 
4、头颈部肿瘤放射治疗后。 
2、甲状腺肿大：1、甲状腺激素合成障碍，系常染色体隐性遗传引起。 
2、由于母体内的碘化物或抗甲状腺制剂传递给胎儿致病。 
3、摄入碘缺乏或天然的致甲状腺肿物质如木薯引起。
4、药物，抗甲状腺药物、碘化物、保泰松及锂盐等引起。
5、慢性淋巴细胞性甲状腺炎：病因未明，可能与甲状腺自身免疫性损害有关，许多患者存在高滴度的过氧化酶抗体(TP0-A)和甲状腺球蛋白抗体(TGA)，TSH受体封闭型抗体也可能是病因之一。
2、继发性(垂体性)甲状腺功能减退：较少见，是由于垂体疾病使TSH分泌减少所致，如垂体肿瘤、席汉病、垂体手术或放射治疗以后所引起。
3、下丘脑性甲状腺功能减退：罕见，由于下丘脑产生促甲状腺激素释放激素(TRH)的减少，使得垂体的TSH的分泌减少而引起，如鞍上肿瘤及先天性TRH缺乏等。
4、末梢对甲状腺激素作用的抵抗(RTH)：甲状腺激素通过核受体发挥生物学效应，若核受体缺乏或T3、T4与受体的结合障碍以及受体后缺陷等可导致末梢对甲状腺激素作用的抵抗，引起甲状腺功能减退。
二、诱发因素
自身免疫性疾病有可能会诱发亚临床甲状腺功能减退症的发生。