小儿锌缺乏症的治疗主要是调整患者饮食习惯，进行食疗补锌以及药物补锌。患儿缺锌系原发消化道疾病所继发者，主要针对原发疾病治疗。
一、一般治疗
食疗补锌，鼓励多进食富含锌的动物蛋白，如肉类、坚果类、全谷、甲壳类动物、豆类等。初乳含锌丰富，牛乳含锌量与母乳相似，但牛乳锌的吸收率远低于母乳锌，提倡母乳喂养。
二、药物治疗
1、葡萄糖酸锌或硫酸锌：小儿锌缺乏症通过补充锌剂配合食补，可使锌元素恢复到正常范围。治疗疗程一般为2~3个月。锌剂的毒性较小，但剂量过大也是可引起机体不良反应发生，包括胃部不适、恶心、呕吐、腹泻等消化道刺激症状，甚至脱水和电解质紊乱。有时可能引起锌中毒，锌中毒可干扰铜代谢引起低铜血症、贫血、中性粒细胞减少、肝细胞中细胞色素氧化酶活力降低等中毒表现。锌中毒需立即进行催吐、洗胃、导泻和活性炭吸附，服用牛奶、浓茶促进锌盐沉积。
2、中医中药治疗：中医认为小儿锌缺乏症主要病位在脾胃，多数与脾虚证候有关。中医药治疗从调整脾胃人手，在使小儿脾 胃功能改善的基础上，缺锌随之得到纠正，起到标本兼治的作用。如使用醒脾冲剂(苍术、黄柏、麦芽、龙骨、莪术等组成)治疗2个月，患儿脾胃功能改善，锌随之逐渐纠正。
三、手术治疗
本病无需手术治疗。
四、其他治疗
患儿缺锌系原发消化道疾病所继发者，主要针对原发疾病治疗，如慢性胃炎，需使用奥美拉唑等护胃治疗。