甲状腺功能减退的治疗，主要是予以药物替代治疗，目前可以选择的药物为左甲状腺素钠片、甲状腺片。通常建议使用左甲状腺素钠片，相对而言药物的剂量比较稳定。
替代治疗的过程中，起步剂量一定要小，起步剂量过大会引起甲减患者出现胸闷、心绞痛等相关症状。要定期随访，根据甲状腺功能结果逐渐调整药物剂量，达到稳定期以后，甲状腺功能减退症状可以达到临床缓解。