造成直肠炎的病因有很多，如外伤、感染、自身免疫功能异常、放射性照射、情绪波动、焦虑、工作压力、遗传等。
一、主要病因
1、异物损伤：最为常见的病因是直肠内异物损伤，带有锐利角的各种异物可直接损伤直肠黏膜而发生直肠炎。
2、中毒和感染：发生灭鼠药或重金属(汞、砷等)中毒，或者发生以胃肠炎为主要特征的传染病时，常常继发直肠炎。
3、免疫力低下：细胞免疫功能降低，炎症的发生率增高。
4、慢性炎症刺激：长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠炎的要素。
5、放射性照射：在直肠或附近区域进行放射治疗，引起直肠破损、溃疡。
6、性病：如尖锐湿疣或乳头状纤维瘤，长期摩擦刺激，可引起直肠炎。
7、手术治疗：术后，粪便从直肠转移到手术开口上。
8、白细胞积聚：白细胞（嗜酸性粒细胞）积聚在直肠内层。
9、食物中的蛋白质：食物中的蛋白质会引起直肠炎。
10、使用抗生素：治疗感染的抗生素可能会杀死肠道中有益细菌，导致直肠中有害细菌生长。
二、诱发因素
1、长期应用广谱抗生素(林可霉素、氯林可霉素、氨基苄青霉素等)、大量应用免疫抑制剂治疗等，导致机体免疫力低下，造成病菌机会性感染。
2、不洁性交史，肛交并无保护措施、多个性伴侣、与直肠炎症患者直接接触等，易导致感染直肠炎症。
3、不注意肛周卫生，使肛周一直处于湿热环境中，易导致直肠炎症。
4、放射线直接作用于肛周、直肠及附近区域(如宫颈、前列腺)等，可导致肛周炎症、破溃。
5、未消化的木片、骨片或其他异物，可直接损伤直肠黏膜，进而诱发直肠炎。严重便秘时，坚硬的粪块也可能会诱发直肠炎。
6、进食感染病原菌(如沙门氏菌、志贺氏菌、弯曲杆菌等)的不洁食物。
7、遗传性过敏体质在过敏原(食物中的牛奶、大豆、鸡蛋；环境中的动物毛发、粉尘等)的刺激下，易促发嗜酸细胞性直肠炎。
8、粪便流转术、患者精神异常或自身免疫损伤可能诱发溃疡性直肠炎。