亚临床甲状腺功能减退症的结局，就是发展为临床甲状腺功能减退。出现甲状腺功能减退会有一系列低代谢的临床表现，如颜面浮肿、表情淡漠、怕冷、便秘、嗜睡、记忆力减退，严重者会出现心包积液，甚至导致心功能不全、心力衰竭，还会导致黏液性水肿昏迷。
如果亚临床甲状腺功能减退阶段促甲状腺激素水平大于10，同时伴有高脂血症，就要考虑应用左甲状腺素替代治疗。患者在治疗期间要定期复查甲状腺功能，调整药量。