消化不良主要是功能性消化不良，往往主要是胃肠蠕动异常所导致，主要的症状就是出现腹胀、打饱嗝，有的时候还会出现便秘，往往可能是与进食过多、过于油腻，甚至吃了冷的东西，然后增加了胃肠道负担而导致的，通过调整饮食以后，可能消化不良的症状就会缓解。
乳糖不耐受往往是肌体缺乏乳糖酶，不能对乳糖很好的消化、吸收。乳糖进入胃肠道以后就会促进胃肠道蠕动，甚至促进胃肠道水分吸收而导致腹泻，比如进食了牛奶以后，就可以出现剧烈的腹痛、腹泻。如果排除了乳糖的成分，不喝牛奶症状可能就会缓解，这就是二者的区别。