神经麻痹性角膜炎可通过人工泪液滴眼液、抗生素滴眼液或者眼膏等药物治疗，以及睑裂缝合手术或角膜移植手术治疗改善，此外，配戴高透氧性角膜接触镜也是治疗神经麻痹性角膜炎的方式之一。因本病病程较长，所以需要长期持续性治疗。
一、药物治疗
1、人工泪液滴眼液：神经麻痹性角膜炎早期使用人工泪液或者角膜上皮生长因子滴眼液治疗，对角膜上皮损伤有益，一般使用不含防腐剂的滴眼液效果好。
2、抗生素滴眼液或者眼膏：神经麻痹性角膜炎因为长期的角膜上皮损伤容易引起感染性角膜炎，一般需要白天使用抗生素滴眼液，晚上使用抗生素眼膏。避免过度使用导致角膜上皮药物性损伤。
二、手术治疗
1、睑裂缝合术：神经麻痹性角膜炎长期药物治疗未奏效可以考虑睑裂缝合手术，造成上睑下垂保护角膜，减少泪液蒸发，防止眼表干燥。
2、角膜移植术：神经麻痹性角膜炎出现细菌感染，导致角膜溃疡穿孔，可进行角膜移植手术。
三、其他治疗
1、配戴高透氧性角膜接触镜：此治疗方式主要作用是保护角膜上皮，避免感染发生。
2、肉毒杆菌毒素A注射：造成暂时性的上睑下垂，可保护角膜，减少泪液蒸发，防止眼表干燥。