小儿细菌性痢疾治疗周期较短，治疗主要以维持水及电解质紊乱、恢复肠道功能、抗菌治疗为主，且适当休息，保持生活规律。
一、一般治疗
对患者进行隔离、严格卧床休息，采取半流质、易消化饮食。
二、药物治疗
1、抗生素：为迅速控制感染，通常选用痢疾杆菌敏感的抗生素口服或静脉滴注，因近年来痢疾杆菌出现耐药性，故可选用第三代头孢菌素等药物。
2、地西泮：对于发热惊厥的患者，可使用地西泮止惊，物理降温。
3、苯巴比妥钠：苯巴比妥钠也是在患者出现惊厥时使用的止惊药物。
4、复方新诺明：该药是磺胺甲恶唑与甲氧苄啶的复方制剂，为磺胺类抗菌药，对大肠埃希菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌具有良好的抗菌作用。广泛用于治疗尿路感染、细菌性痢疾、儿童急性中耳炎。复方新诺明主要的优点是毒性较小、疗效高、不良反应少、抗菌谱广。早产儿以及不足3个月的婴儿、肝肾功能不佳的患者以及对磺胺过敏患者均应禁用复方新诺明。注意此药不与乳酶生、促菌生、干酵母等助消化药品同服，以免降低疗效。
5、肠炎灵：是一种高效抗菌收敛药，服药期间患者尿液为红色，停药后尿液可恢复正常的淡黄色。若细菌性痢疾患儿有高热的情况，可适当给予退热剂或进行酒精擦浴、湿毛巾擦身等物理降温。
6、肾上腺皮质激素：感染性休克的患者可进行液体复苏、血管活性药物治疗，并且控制感染极其重要，危重的病人疑似有肾上腺皮质功能低下者可使用肾上腺皮质激素。
三、手术治疗
本病无手术治疗。
四、其他治疗
1、支持和对症治疗：针对患者发热、脱水、水及电解质紊乱等症状，进行退热、补水，维持水、电解质紊乱等。另外，应该按脱水程度给予液体疗法。
2、并发症治疗：如患者出现脑水肿，应保持呼吸道通畅、给氧、降颅内压、保钾利尿剂。