先天性巨结肠许多的并发症发生在出生后两个月以内，要特别重视在此期间进行治疗先天性巨结肠的并发症。其中并发症包括：1.最常见的并发症是小肠结肠炎，因为粪便堆积导致肠管高度扩张，肠腔内压力增高，从而发生肠黏膜缺血、水肿、溃疡，引起血便及肠穿孔；2.因为粪便不能及时排出体外，粪便里的代谢产物、细菌、毒素进入血液循环，会导致全身脏器感染，患儿容易出现高热、腹胀、呕吐等症状，重症感染者甚至可发生肺炎、败血症危及生命。3.肠穿孔，穿孔的部位主要是乙状结肠和盲肠，如果继发了感染就会引起败血症和肺炎等。