流行性乙型脑炎保护易感人群的重要措施就是接种疫苗。
保护易感人群的主要措施是预防接种。我国大部分省、市已将乙脑疫苗纳入计划免疫。目前我国使用的乙脑疫苗包括地鼠肾细胞灭活和减毒活疫苗，保护率达到60％-90％。10岁以下的儿童为主要接种对象，从非流行区进入流行区的人员，也应接受预防接种。一般接种2次，间隔7-10天，第二年加强注射1次，连续3次加强后，可获得较持久免疫力。疫苗接种应在流行前1个月完成。
乙脑疫苗不能与伤寒三联菌苗同时注射，以免引起过敏反应；有慢性酒精中毒和中枢神经系统疾病者禁用。我国目前生产的减毒活疫苗效价比高，不良反应少，适合大规模接种。