藏毛囊肿的病因分为先天性和后天性，先天性的病因是发育畸形导致皮肤的先天性缺损，后天性因素多为局部的压力增大和局部的损伤配合作用所导致。目前临床病例多为男性，超重、长期久坐或骑车、臀尖裂较深、自身毛发较粗硬等因素，可能也会对此病起到诱发的作用。
一、主要病因
1、先天因素：由于先天性因素影响，如髓管残留或骶尾缝发育畸形导致皮肤的先天性缺损，表皮向内折叠而形成含有毛囊的包涵物引起。
2、后天因素：多为异常的外力伤害所造成，一种是局部皮肤先破损，然后局部受到外力的作用，导致较多毛发嵌入或刺入伤口。因患者从事特殊职业，无暇顾及，久而久之导致发炎囊肿。第二种方式为，局部皮肤无破损，但因为局部压力使皮肤长期处于褶皱状态，或使毛发处于长期嵌入皮肤的状态，导致藏毛囊肿。
二、诱发因素
1、超重：可能跟患者的臀部比常人有更多的褶皱有关。
2、长期久坐或骑自行车：跟臀部长期受到较大的局部压力有关。
3、臀间裂较深：臀间裂较深，当坐着时，臀部产生褶皱的机会比常人更大。
4、毛发较粗、较硬、较旺盛：患者自身阴部、腿部毛发较粗、较硬、较旺盛，这样的毛发更容易嵌入或刺入皮肤。