金黄色葡萄球菌致病力强，常可导致急性骨髓炎，只要选择好敏感抗生素，临床效果相对比较好。只要抗生素使用疗程足够，一般不会转为慢性骨髓炎。对于金黄色葡萄球菌引起的骨髓炎，临床上通常静脉给予抗生素，多使用克林霉素和二代头孢类抗生素，比如头孢呋辛。对于治疗耐药的金黄色葡萄球菌骨髓炎，首选的是万古霉素。
当然，无论选择何种抗生素，最重要是一定要先做细菌学培养，根据药敏试验结果选择抗生素，如此选择用药才最可靠。当出现抗生素使用后局部症状不能完全控制或效果不明显时，必须结合局部清创手术，甚至引流、灌洗等办法进行治疗，使大量的感染组织清除出骨髓，减少局部感染的情况，之后再进行全身用药。